L’Institut Bergonié, centre de lutte contre le cancer basé à Bordeaux, et Owkin, startup spécialisée dans l’intelligence artificielle (IA) annoncent la signature d’un partenariat de recherche. Cet accord cadre vise à guider les collaborations entre Owkin et l’Institut Bergonié et à développer une infrastructure permettant l’apprentissage fédéré entre l’Institut Bergonié et d’autres centres de recherche.
L’Institut Bergonié et Owkin vont collaborer étroitement sur des projets sur le sarcome en utilisant la plateforme Owkin Connect. Il s’agit d’une suite de logiciels permettant de créer des modèles de machine learning basés sur l’apprentissage fédéré. Concrètement, les données de plusieurs centres seront utilisées pour développer un modèle plus précis et plus robuste sans que les données ne quittent les serveurs des hôpitaux. Pour Carlo Lucchesi, responsable de l’Unité de Bio-informatique de l’Institut Bergonié «La technologie d’apprentissage fédéré développée par Owkin permet de répondre aux meilleurs standards de confidentialité et de garantir la protection des données des patients, tout en tirant profit de l’exceptionnelle qualité et diversité des données.»
Pour Nicolas Portolan, Directeur Général Adjoint de l’Institut Bergonié, «Ce partenariat permet de mobiliser et fédérer le haut niveau d’expertise des départements d’imagerie, de bio-pathologie et d’oncologie médicale au service d’une action permettant d’améliorer concrètement et rapidement la prise en charge des patients atteints de sarcome puis d’autres pathologies. Nous connaissons aujourd’hui, grâce à l’IA, une phase passionnante et porteuse de nombreux espoirs dans l’évolution de la prise en charge des cancers permettant notamment d’améliorer l’égalité d’accès à ce haut niveau d’expertise.»
Le premier projet de collaboration entre l’Institut Bergonié et Owkin porte sur le sarcome. Les data scientists d’Owkin vont travailler sur les données de plus de 5 000 patients atteints de différents types de sarcomes. Le projet servira à déterminer l’apport de l’IA dans l’analyse des lames histologiques digitalisées par rapport aux outils conventionnels. Cette recherche portera sur l’identification et la classification des différents sous-types de la maladie (sarcomes à génomique complexe, sarcomes avec translocation récurrente, liposarcomes dédifférenciés et GIST) et sera menée notamment par le Pr Jean-Michel Coindre et le Pr Antoine Italiano. Une partie de ce projet se fera en partenariat avec d’autres centres experts du sarcome, dont le Centre Léon Bérard, permettant ainsi de faire collaborer les experts mondiaux autour des mêmes questions scientifiques grâce à Owkin Connect, la technologie d’apprentissage fédéré de Owkin.
Un deuxième projet de collaboration entre l’Institut Bergonié et Owkin servira à évaluer l’apport de l’AI dans la prédiction de la réponse à l’immunothérapie dans le cancer du poumon non à petites cellules sur des données multimodales.
Au-delà d’Owkin Connect, le personnel de l’Institut Bergonié pourra utiliser la plateforme de recherche Owkin Studio. Celle-ci permettra à l’ensemble des chercheurs de bénéficier des meilleurs algorithmes d’IA développés par les équipes d’Owkin. Les médecins pourront ainsi collaborer directement via Owkin Studio avec les data scientists d’Owkin, et explorer les résultats des algorithmes entraînés sur leurs données.
Pour Meriem Sefta, Directrice des Partenariats chez Owkin, “les enjeux de ce partenariat sont pour l’Institut Bergonié et Owkin de capitaliser sur le travail remarquable qui est effectué en France autour de la prise charge des certaines pathologies rares comme le sarcome. La recherche effectuée notamment dans le cadre du réseau Netsarc depuis plus de 30 ans offre à Owkin la possibilité de développer des modèles prédictifs pour améliorer la compréhension de cette maladie. Nous sommes très fiers d’apporter nos technologies de machine learning et apprentissage fédéré à ce réseau d’experts et ce, toute en préservant la confidentialité et la sécurité des données.”
